畜禽粪便不经过发酵处理直接使用会有很多的危害，具体表现在：
传染病虫害：粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，也导致植物病虫害的发生。
发酵烧苗：没有发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，生粪便开始发酵，若发酵部位距根较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
毒气危害：在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
土壤缺氧：有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
肥效缓慢：未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
环境污染：养殖场采用直接施用方式消纳粪便，在农作物施肥高峰时粪便还可以处理掉；施肥淡季，粪便无人问津，只好任凭堆积，风吹雨淋，肥效流失，污染环境。
利用不便、效率低：未经处理的粪便，不易运输、体积大、有效成分低、使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
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